Die Farben des Gemeindewappens sind als dreigeteiltes Schild dargestellt. In der Mitte eine aufsteigende, geschweifte goldene Spitze mit schwarzem Wurzelstock, der sich auf das Niederstockheimer Gericht bezieht. Die Herren von Stockheim hatten ihren Namen von den Ländereien, die sie aus Waldrodungen erworben haben. Der linke Teil des Wappens hat einen schwarzen Untergrund. Darin ein goldener, rotgekrönter Pfälzischer Löwe. Dieser Löwe bezieht sich auf die Kurpfalz, die lange Zeit Lehnsherr von Merzhausen war. Der rechte Teil des Wappens besteht aus weißblauen Rauten, welche auf die Familie der Wittelsbacher verweisen, die die Kurzpfalz seit dem 14. Jahrhundert besaßen.
Obwohl die Grafen von Nassau seit 1562 Anteile am Niederstockheimer Gericht erworben hatten, änderten sie nichts an dem bisherigen Wappen, welches bis zum heutigen Tage für den kleinen Ort Merzhausen noch Gültigkeit hat.